يضم المعهد ستة أقسام علمية وهي:

1. قسم تاريخ وحضارات الشرق الأدنى القديم .

2. قسم التاريخ والحضارة العربية الإسلامية .

3. قسم التراث الفكري والعلمي العربي .

4. قسم الوثائق والمخطوطات التاريخية .

5. قسم تاريخ الوطن العربي الحديث والمعاصر .

6. قسم التاريخ العسكري العربي .

  تشمل الدراسة في المعهد مرحلتي الماجستير والدكتوراه ، أي أن المعهد يمنح درجة الماجستير في اختصاص تاريخ وحضارات الشرق الأدنى القديم ، واختصاص المخطوطات والوثائق التاريخية ، ويمنح درجتي الماجستير والدكتوراه في اختصاص التاريخ والحضارة الإسلامية والتراث الفكري والعلمي والتاريخ الحديث والمعاصر .

 

مفردات المناهج الدراسية: